Quem jogou Onimusha deve estar até agora se perguntando o que aconteceu com Samanosuke e o terrível demônio Nobunaga. Bem, o novo jogo da Capcom, Onimusha 2, responde de cara a segunda pergunta: 13 anos depois, Nobunaga está de volta para aterrorizar o Japão medieval. O novo portador da Manopla do Ogre Fantasma é o samurai lendário Yagyu Jubei. Auxiliado por Magoichi, um exímio atirador e sua fiel pistola, e Ekei, um enorme brutamontes que resolve tudo com sua força. Os três seguem a trilha do lorde Nobunaga até uma cidade mineira em um vale, e acabam tropeçando na mesma arma mística usada por Samanosuke Akechi no jogo anterior. Outros personagens revelados incluem Oyuu, uma garota de 20 anos com roupas ocidentais, assim como uma reaparição de Kaede, a ajudante do protagonista de Onimusha 1.