Houve um tempo em que Sam Fisher era agente do Terceiro Escalão, designado a infiltrar fortalezas inimigas à Segurança Nacional, colher informações e onde necessário usar seu treinamento pra neutralizar aqueles inimigos. Mas os tempos estão mudando. Os inimigos da América estão buscando novas opções, encontrando meios de se tornarem mais mortais. Para estarem um passo a frente de seus alvos, o Terceiro Escalão também está mudando, embora o Coronel Irving Lambert e o Diretor Assistente Williams caminhem para direções diferentes. À medida que os adversários de Sam Fisher estão evoluindo e seus aliados são instáveis, a vida do próprio Sam também sofre uma mudança dramática e permanente. Com a vida de cabeça para baixo, Sam Fisher está numa nova missão que provavelmente ninguém nunca esteve antes. Antes ele costumava obter informações de fora, agora ele está do lado de dentro, trabalhando com aqueles que ele jurou destruir e encontrando inimigos entre os aliados. Ele está arriscando tudo por um bem maior, mesmo se isso custar sua identidade - ou sua vida.